Rokujou Miharu è un ragazzo che custodisce l'Hijustu (letteralmente "tecnica segreta") all'interno del suo corpo. Questo Hijustu è il potere della creazione e, proprio per questo, molti clan ninja lo stanno cercando, perché solo attraverso di esso è possibile diventare il Re di Nabari (dal titolo "Nabari no ou"). Kouichi, un compagno di classe di Rokujou, ha da poco iniziato a frequentare il club Nindou (ovvero "percorso di crescita di un ninja") della sua scuola, curato da Kumohira, il suo insegnante di inglese. Kouichi e Kumohira, che sono entrambi degli shinobi del villaggio di Banten, cercano di convincere Rokujou a iscriversi nel loro club; in un primo momento egli rifiuta, ma dopo l’attacco di un clan rivale, Miharu prende coscienza della situazione e decide di apprendere il ninjutsu per padroneggiare la misteriosa tecnica Shinrabanshou (“tutto ciò che esiste in natura”) e diventare il Dominatore di Nabari..